Uprava Krke pouzdaje se u odlučnost, odgovornost i jasnu viziju u svom predvođenju zaposlenika, kako bi postigli ciljeve i misiju tvrtke. Složenim poslovnim procesima pristupa se na transparentan način, što zahtijeva blisku i intenzivnu suradnju zaposlenika.

Krkino korporativno upravljanje temelji se na dvorazinskom sustavu. Upravni odbor upravlja tvrtkom, dok njegovo postupanje kontrolira Nadzorni odbor. Korporativno upravljanje temelji se na zakonodavstvu Republike Slovenije, slovenskoj i međunarodnoj dobroj praksi, javno dostupnoj Politici korporativnog upravljanja tvrtke i njezinim internim pravilima.